有些情况下，用膜联蛋白V对细胞进行染色并不是检测凋亡的最佳方法。 例如：细胞对膜联蛋白V结合所需的高钙浓度敏感、胰酶消化作用对贴壁细胞磷脂酰丝氨酸分析的不利影响、以及某些分析过程中禁止对样品进行清洗。由于凋亡细胞膜不对称性的丧失会伴有通透性的改变，有三种单体花青染料 (PO-PRO™-1、YO-PRO®-1和TO-PRO®-3) 已证实可渗透进入凋亡细胞。 这些染料进入凋亡细胞后可以与核酸结合，而无法透过细胞的死细胞染料则被排除在细胞外。 这三种染料具有独特的激发波长，为多重分析提供了更大的灵活性。